Một số yếu tố có thể nhận dạng như thuốc, phẫu thuật xen kẽ ruột và cấy ghép các cơ quan, tế bào gốc hoặc hệ vi sinh vật trong phân dường như gây ra những thay đổi giống bệnh viêm ruột hoặc bệnh viêm ruột trong đường tiêu hóa. Các cá nhân bị ảnh hưởng về cơ bản biểu hiện với các triệu chứng và dấu hiệu lâm sàng phù hợp được hỗ trợ bởi nội soi, mô bệnh học,và phát hiện X quang của bệnh viêm ruột. Các tác giả đã gọi loại bệnh cụ thể này là “bệnh viêm ruột thứ phát”.