Nhiều bệnh tim bẩm sinh, đặc biệt là bệnh tim bẩm sinh nặng trong thời kỳ sơ sinh cần phải được phẫu thuật phá vách liên nhĩ trong cấp cứu nhằm mục đích trộn máu ở tầng nhĩ tốt hơn và giảm áp lực của nhĩ phải.