Bất chấp những tiến bộ đáng kể trong quản lý y tế của bệnh viêm ruột trong những năm gần đây, nhiều bệnh nhân sẽ phải phẫu thuật. Nhiều tình huống trong số này là phẫu thuật chương trình hoặc bán cấp có thể bị hoãn lại trong vài ngày hoặc vài tuần ở một số bệnh nhân có COVID-19 đã được xác nhận. Tuy nhiên, có thể xảy ra các trường hợp khẩn cấp như thủng đại tràng, viêm đại tràng nặng cấp tính, xuất huyết không kiểm soát được, phẫu thuật trong những trường hợp này không thể hoãn lại mà phải điều trị kịp thời.