Biến chứng của hội chứng Serotonin nặng có thể gây nên nhiễm toan chuyển hóa, tiêu cơ vân, tổn thương thận cấp tính, co giật, đông máu rải rác nội mạch hoặc tử vong đối với người bệnh. Nguyên nhân dẫn đến các biến chứng có thể do tăng thân nhiệt và hoạt động cơ quá mức. Do vậy, việc nhận biết các dấu hiệu của hội chứng này là rất quan trọng để phòng ngừa các biến chứng.

Việc phòng tránh hội chứng Serotonin dựa trên việc người bệnh và bác sĩ chú ý đến những tác dụng phụ của các loại thuốc có thể gây hội chứng này để kết hợp thuốc trong điều trị bệnh sao cho an toàn, hiệu quả.

Hội chứng Serotonin thường xảy ra, có thể ảnh hưởng đến tính mạng người bệnh nhưng cũng thể phòng tránh nếu chú ý đến những tác dụng phụ của các loại thuốc có thể gây ra hội chứng này. Việc xử trí hội chứng Serotonin thông thường phụ thuộc vào mức độ của bệnh.