Các virus là một nguyên nhân thường gặp của viêm não, với một loạt các yếu tố ảnh hưởng đến dịch tễ học, biểu hiện lâm sàng, và điều trị bệnh. Tình trạng miễn dịch của vật chủ là một yếu tố cốt lõi đối với nhiễm herpesvirus vào hệ thần kinh trung ương. Phần này tập trung vào CMV, EBV và HHV6, những virus có thể gây viêm não trong bối cảnh ghép tạng và ức chế miễn dịch.