Sự tương tác giữa acid mật và hệ vi sinh vật đường ruột có liên quan đến sinh lý bệnh của nhiều bệnh đường ruột và ruột ngoài, đặc biệt là bệnh gan ứ mật. Đặc biệt sự tiến triển của các bệnh gan ứ mật tự miễn cũng ảnh hưởng đến thành phần của hệ vi sinh vật đường ruột, làm trầm trọng thêm sự phát triển của bệnh ứ mật trong chu trình tương tác này.

Các yếu tố môi trường, di truyền và trao đổi chất cũng như hệ vi sinh vật đường ruột bị thay đổi có liên quan đến cơ chế bệnh sinh của gan nhiễm mỡ không do rượu. Axit mật và các chất chuyển hóa giúp duy trì cân bằng nội môi của glucose, cholesterol và chất béo trung tính trong gan cũng như điều chỉnh tình trạng viêm. Đây được coi là một mục tiêu điều trị tiềm năng cho bệnh gan nhiễm mỡ không do rượu.

Các nghiên cứu gần đây đã chỉ ra rằng, acid mật hoạt động như các phân tử truyền tín hiệu đa hướng trung gian cho nhiễu xuyên âm gan-ruột. Mối quan hệ phức tạp giữa axit mật và hệ vi sinh vật đường ruột (phụ thuộc và ức chế lẫn nhau) đóng một vai trò quan trọng trong việc duy trì cân bằng nội môi của động vật có vú.

Các nghiên cứu trước đây đã chỉ ra rằng những thay đổi hệ vi sinh vật đường ruột hoặc rối loạn vi khuẩn ở bệnh nhân bị bệnh gan mãn tính hoặc xơ gan thường đi kèm với sự giảm đáng kể tổng số axit mật và tỷ lệ acid mật thứ cấp/ acid mật chính.

Bệnh gan do rượu ban đầu được đặc trưng bởi tình trạng gan nhiễm mỡ, sau đó có thể phát triển thành viêm gan do rượu, xơ hóa gan và xơ gan. Rượu có thể gây tổn thương cho nhiều cơ quan đích, đặc biệt là não, ruột và gan. Cần lưu ý rằng, uống rượu có thể làm thay đổi cấu trúc của hệ vi sinh vật đường ruột trước khi xuất hiện các bệnh về gan.