Nhiều loại đau đầu có liên quan đến sự thay đổi hóc môn estrogen và progesterone. Phụ nữ thường bị đau nửa đầu do kinh nguyệt vào bất kỳ thời điểm nào từ 2 ngày trước chu kỳ kinh nguyệt đến ngày thứ 3 sau khi sạch kinh. Tuy nhiên, rối loạn nội tiết cũng có thể gây đau đầu không theo chu kỳ.