Trước hết cần hiểu về xét nghiệm vi sinh: là các xét nghiệm nhằm xác định căn nguyên gây bệnh nhiễm trùng. Do vậy tùy theo cơ quan bị bệnh, cơ chế gây bệnh và đảo thải vi sinh vật mà bệnh phẩm trong chẩn đoán vi sinh rất phong phú ...như chất tiết, đờm, nước tiểu, phân, mủ, dịch cơ thể... và máu.