Ở nhiều bệnh nhân suy giáp hoặc cường giáp, lymphocytes sản xuất các kháng thể chống lại tuyến giáp của bản thân. Các kháng thể phổ biến gây ra vấn đề về tuyến giáp là Peroxidase đặc hiệu tuyến giáp (Thyroid‐specific peroxidase - TPO), tự kháng thể kháng thụ thể TSH (TSHR) và kháng thể kháng thyroglobulin (Anti thyroglobulin).