Thời gian ủ bệnh sốt rét tính từ khi muỗi mang thoa trùng đốt người để truyền bệnh đến khi xuất hiện triệu chứng lâm sàng với cơn sốt đầu tiên. Giai đoạn này dài hay ngắn tùy thuộc chủng loại ký sinh trùng sốt rét được truyền, trung bình khoảng 7 - 21 ngày.

Một cơn sốt rét điển hình diễn tiến qua 3 giai đoạn. Mỗi giai đoạn có những biểu hiện và triệu chứng khác nhau. Nếu người bệnh bị sốt rét điển hình lần đầu, nếu không được điều trị tốt thì sẽ có những cơn tái phát gần hoặc xa dẫn đến những biến chứng nguy hiểm.