Dịch viêm não Nhật Bản thường xảy ra từ tháng 5 đến tháng 10. Hầu hết các trường hợp xảy ra ở miền Nam trong mùa mưa và đầu mùa khô và ở phía bắc vào cuối mùa hè và mùa thu.

Mùa hè, đặc biệt là thời điểm từ tháng 5 đến tháng 8 là mùa cao điểm của dịch bệnh viêm não Nhật Bản ở trẻ em. Tác nhân gây bệnh thường tấn công trực tiếp vào nhu mô não, tỷ lệ tử vong là 10 – 15%, và 35 – 45 % để lại các di chứng về thần kinh, vận động.