Cấy hệ vi sinh vật đường ruột (qua phân) từ một đối tượng khỏe mạnh có chức năng ruột bình thường cho bệnh nhân - được gọi là cấy ghép hệ vi sinh vật trong phân (cấy ghép vi sinh vật trong phân) - lần đầu tiên được áp dụng bởi bác sĩ Trung Quốc Ge Hong vào thế kỷ thứ tư để điều trị tiêu chảy nặng và sốt rét. Trong thời đại hiện nay, cấy ghép vi sinh vật trong phân đại diện cho một phương pháp điều trị hiệu quả cho nhiễm trùng do Clostridium difficile (CDI) và cũng là một phát minh đầy hứa hẹn cho các bệnh khác.