Xét nghiệm một mẫu phân giúp bác sĩ chẩn đoán các bệnh lý ảnh hưởng đến tiêu hóa. Những bệnh lý này có thể bao gồm nhiễm trùng, tình trạng hấp thụ dinh dưỡng kém, hoặc ung thư. Xét nghiệm phân góp phần chẩn đoán một số bệnh lý đường tiêu hóa.