Bệnh viêm ruột mới khởi phát sau khi cấy ghép thường xuất hiện muộn trong quá trình theo dõi, với thời gian chậm trễ trung bình đến 91 tháng. Biểu hiện lâm sàng của bệnh viêm ruột mới khởi phát giống với những biểu hiện xảy ra trong dân số nói chung, bao gồm tiêu chảy ra máu và đau bụng.