2018: Tốt nghiệp chuyên ngành Bác sĩ đa khoa Đại học Y Hà Nội
2021: Hoàn thành chương trình Thạc sĩ - Bác sĩ nội trú với bằng Giỏi chuyên ngành Sản phụ khoa tại Đại học Y Hà Nội và bệnh viện Phụ Sản Trung Ương
2022: Hoàn thành chương trình đào tạo cho Bác sĩ lâm sàng Hỗ trợ sinh sản
ThS. BS Phạm Thị Kim Yến là hội viên của nhiều tổ chức về Sản phụ khoa và Hỗ trợ sinh sản như hội Sản phụ khoa Việt Nam (VAGO), hội hỗ trợ sinh sản Hà Nội (HASAR), hội Di truyền Y học Việt Nam…