Các công nghệ giải trình tự gen không thể giải trình tự toàn bộ bộ gen của thực phẩm cùng một lúc. Do đó, bộ gen phải được chia thành các đoạn DNA nhỏ hơn, được giải trình tự và sau đó gắn lại với nhau theo đúng thứ tự bằng cách sử dụng các phương pháp tiếp cận sinh học.